اعلنت جامعة العقبة للتكنولوجيا بالمشاركة مع جامعة مؤتة بدء استقبال طلبات القبول في برنامج الدراسات العليا /الماجستير، وذلك بداية من الفصل الدراسي الثاني من العام الجامعي 2017-2018 ، وسيكون التدريس في حرم جامعة العقبة للتكنولوجيا في التخصصات التالية :  (كلية الاعمال) :ماجستير(mpa mr) وماجستير محاسبة وماجستير نظم المعلومات الادارية وماجستير اقتصاديات المال والاعمال – (كلية العلوم التربوية) : ماجستير علم نفس تربوي وماجستير ادارة تربوية وماجستير مناهج عامة –( كلية تكنولوجيا المعلومات) : ماجستير علم الحاسوب – ( كلية الهندسة) : ماجستير الادارة الهندسية وماجستير هندسة مدنية/ مياه وبيئة – (كلية العلوم الاجتماعية) : ماجستير اثار وماجستير العلاقات الدولية.